Les variantes suivantes marquent un tournant dans l’évolution du Type 039. L’aérodynamisme de la voile est totalement révisé (forme trapézoïdale) pour aboutir à des lignes beaucoup plus harmonieuses. Le pont faible des sous-marins chinois a toujours été leur manque de discrétion acoustique et il était temps pour les ingénieurs d’apporter des modifications importantes plutôt que de procéder à de petites touches progressives sans grand résultat.

Au niveau de la structure interne du sous-marin, toujours aucune information. On sait juste que les tubes lance-torpilles peuvent désormais abriter potentiellement des missiles anti-navires supersoniques YJ-18 (220 km de portée), ou des missiles mer-sol de 2.000 km de portée. 18 armes de ce type peuvent être stockées à bord.

La présence d’une antenne linéaire remorquée est parfois évoquée, sans certitude.

Une autre caractéristique importante que l’on a pu observer lors du lancement du 1^er 039B à Wuhan le 9 septembre 2010 est la présence d’un sonar de flanc et d’un carré blanc peint sur la coque sous le massif (on retrouvera ce même motif sur le 039C).